鄂尔多斯蒙医研究所(蒙医医院)坐落在康巴什区。成立于1979年。它的建立结束了伊盟蒙医药事业的马背生涯。走出了一条从无到有、从小 到大、由弱到强、不断发展的路子。特别是近年来。蒙研所认真贯彻党的卫生工作方针和民族医药政策，坚持“救死扶伤，实行革命人道主义，全心全意为人民服务，为建立发展蒙医药学而奋斗”的办所宗旨和“以蒙医为主体，科研为中心，医、教、研紧密结合，充分应用现 代科学技术，继续发展蒙医药学”的办所方针，因地制宜、发挥优势、 深化改革、加强管理，现已初步建设成为一所以蒙医为主体，科、教、 医、药紧密结合的具有民族特色的民族科研医疗机构，为伊盟的经 济发展、社会进步和人民健康做出了积极的贡献。

　　除医疗工作外，还承担着全盟的蒙医教学和科研任务。建所以来，在临床治疗上以蒙医为主，主要治疗循环系统、消化系统、泌尿系统等怠慢性疾病。采用蒙医、蒙西医结合治疗结核病，肝胆疾病，皮肤病，风湿类风湿性关节炎和各种妇科病及疑难病’症均有显著疗效。同时采用多种行之有效的蒙医传统疗法如：正骨、震脑、推拿、按摩、针灸、放血、拨罐等对各种病症进行治疗。所内现有一批蒙医药科研人才，为蒙医药事业的发展提供了保障，并有一批科研课题已通过鉴定，科研成果硕果累累。